Sankt Peterburge įstojo savanoriu į carinės Rusijos kariuomenę, vėliau – studijuoti į Medicinos akademiją, tačiau netrukus susirgo. Iekodamas sveikatai palankesnio klimato, kurį laiką gyveno Vladikaukaze, Rostove prie Dono. Pagerėjus sveikatai 1900 m. Maskvos universitete baigė chemijos mokslus, apgynė chemijos ir farmacijos magistro laipsnius. Studijuodamas Maskvoje buvo įsitraukęs į lietuvių studentų nelegalios draugijos veiklą, platino „Varpą“, kitą draudžiamąją lietuvišką spaudą. 1904 –1905 m. jis buvo Kazanės universiteto docentas, 1906 m. tobulinosi ˇenevos universitete veicarijoje, 1906–1916 m. buvo Maskvos universiteto docentas, ekstraordinarinis profesorius, Rusijos inžinierių sąjungos vicepirmininkas ir chemikų sąjungos pirmininkas. Gyvendamas Rusijoje, jis niekada nepamiro, kad yra ˛emaitis, lietuvis ir katalikas. J. Šimkus daugelį metų aktyviai dalyvavo lietuvių visuomeninių ir kultūrinių organizacijų veikloje.
1918 m. pab. grįžo į Lietuvą. 1918 m. gruodžio–1919 m. spalio mėnesiais (su trumpa pertrauka) buvo prekybos ir pramonės, 1921 m. balandžio–1922 m. vasario mėnesiais – krašto apsaugos ministras.
1922–1940 m. dėstė Lietuvos universitete (nuo 1930 m. – Vytauto Didžiojo universitetas), 1922–1923 m. buvo pirmasis šio universiteto rektorius (šiame universitete jam 1922 m. suteiktas profesoriaus vardas), 1922–1940 m. – Organinės chemijos technologijos katedros vedėjas. 1926–1940 m. J. Šimkus buvo Norvegijos garbės konsulas. Jis žinomas ir kaip vienas iš Tarptautinio banko steigėjų, Lietuvos verslininkų sąjūdžio, ūkio draugijų vienas organizatorių.
Mirė J. Šimkus 1944 m. birželio 4 d. savo sodyboje, kuri buvo Raudondvario valsčiaus Maironiškių kaime, sulaukęs 71 metų am˛iaus. Jam mirus, Kauno jėzuitų bažnyčioje buvo aukojamos v. Miios aukotos, atsisveikinimas su profesoriumi ir pirmuoju rektoriumi vyko Vytauto Did˛iojo universiteto Medicinos fakulteto koplyčioje. Po universiteto rektoriaus Juliaus Graurogko (jis kilęs iš Telšių) kalbos ilga laidotuvių procesija, lydima prof. kun. Stanislovo Gruodžio SJ, tėvo Jurgio Smilgevičiaus SJ ir Karo muziejaus orkestro, nusidriekė Kauno gatvėmis iki jam parinktos amžinojo poilsio vietos Vytauto prospekto kapinėse, ties Dariaus ir Girėno mauzoliejumi. Prie kapo skambėjo šilti atsisveikinimo žodžiai, buvo prisiminti J. imkaus nuopelnai Lietuvos valstybei, universitetui ir mokslui. Žemaičių studentų vardu su velioniu atsisveikino inžinierius Bagdonas. Skambant giesmei „Marija Marija” ir Lietuvos himnui, profesoriaus kapas paskendo gėlėse. Sovietams kapines sunaikinus, J. imkaus palaikai buvo perkelti į Petrašiūnų kapines.
Nuotraukoje – prof. Jonas Šimkus
Publikacija paskelbta įgyvendinant 2022 m. Spaudos, radijo ir televizijos rėmimo fondo remiamą projektą „Elektroninis žurnalas „Žemaičių žemė“